Одной из важнейших задач таможенных органов является взимание таможенных пошлин и налогов, с учетом контроля правильности их начисления и своевременности уплаты, а также принятие мер по их взысканию. Контроль за поступлением платежей в федеральный бюджет России осуществляется как на этапе декларирования товаров, так и на этапе таможенного контроля после выпуска товаров.
Для организации эффективного контроля ФТС России совершенствует сотрудничество с федеральными органами исполнительной власти. Приоритетное место занимает сотрудничество с Федеральной налоговой службой, поскольку именно эта служба располагает достоверными и значимыми для таможенных органов сведениями. Это сведения юридического, фактического и экономического характера о юридических лицах, индивидуальных предпринимателях и физических лицах, которые прямо или косвенно принимают участие в обороте иностранных товаров.
Взаимодействие таможенных и налоговых органов в сфере информационного обмена осуществляется на основании Соглашения о взаимодействии между ФТС России и ФНС России, которое подписано в 2008 году. С момента подписания документа в соглашение вносились изменения, в том числе, в части состава сведений при взаимном обмене.