Одной из важнейших задач таможенных органов является взимание таможенных пошлин и налогов, с учетом контроля правильности их начисления и своевременности уплаты, а также принятие мер по их взысканию. Контроль за поступлением платежей в федеральный бюджет России осуществляется как на этапе декларирования товаров, так и на этапе таможенного контроля после выпуска товаров.
Для организации эффективного контроля ФТС России совершенствует сотрудничество с федеральными органами исполнительной власти. Приоритетное место занимает сотрудничество с Федеральной налоговой службой, поскольку именно эта служба располагает достоверными и значимыми для таможенных органов сведениями. Это сведения юридического, фактического и экономического характера о юридических лицах, индивидуальных предпринимателях и физических лицах, которые прямо или косвенно принимают участие в обороте иностранных товаров.
Взаимодействие таможенных и налоговых органов в сфере информационного обмена осуществляется на основании Соглашения о взаимодействии между ФТС России и ФНС России, которое подписано в 2008 году. С момента подписания документа в соглашение вносились изменения, в том числе, в части состава сведений при взаимном обмене.

В Таганрогскую таможню поступило заключение таможенного эксперта в отношении ранее изъятой книги – старинного Евангелия. Проведенное исследование позволило специалисту отнести данное печатное издание к категории культурных ценностей.
Незадолго до этого на многосторонний автомобильный пункт пропуска (МАПП) Весело-Вознесенка прибыло транспортное средство «HYUNDAI SANTA FE», на котором гражданин Украины собирался выехать с территории Евразийского экономического союза. Данный автопереход расположен на 118-ом километре трассы: Ростов-на-Дону – Одесса и является одним из четырех автомобильных пунктов пропуска, осуществляющих свою деятельность в регионе деятельности Таганрогской таможни. При осуществлении таможенного контроля самое пристальное внимание уделяется пресечению попыток незаконного культурных ценностей.