21 апреля 2016 года должностными лицами Оренбургской таможни на одном из крупнейших оптовых рынков г. Оренбурга были проведены проверочные мероприятия, направленные на выявление товаров, запрещенных к ввозу на территорию Российской Федерации в соответствии с Указами Президента от 6 августа 2014 г. № 560 и от 28 ноября 2015 г. № 583, Постановлениями Правительства РФ от 7 августа 2014 года № 778 и от 30 ноября 2015 г. № 1296.
В ходе таможенного контроля выявлен факт хранения и реализации на территории магазина-склада 350 кг помидоров, упакованных в 70 коробок. Страна происхождения данного товара – Республика Турция.

Пятого февраля 2016 года на трассе Самара - Уфа - Челябинск таможенниками совместно с сотрудниками ФСИН и полиции было остановлено транспортное средство с регистрационными номерами иностранного государства, следующее в Казахстан.
В ходе осмотра транспортного средства в числе прочих товаров в кузове автомобиля находился генератор нейтронов с содержанием радиоактивного изотопа «Тритий», который планировали вывезти из России в Казахстан, пользуясь отсутствием таможенного контроля на государственной границе.

В 2007 году общество с ограниченной ответственностью, зарегистрированное на территории Калининградской области, ввезло из Германии транспортное средство типа «седельный тягач» марки «DAF FT95XF», 2000 года выпуска. Оно было помещено под процедуру свободной таможенной зоны с предоставлением льготы по уплате таможенных платежей.
Согласно Федеральному закону «Об особой экономической зоне в Калининградской области» таможенные платежи за перемещение указанного транспортного средства были начислены условнов сумме 1млн.237 тыс.631 рубль, и наложены ограничения на использование транспортного средства вне Калиниградской области. Ввоз на территорию ЕАЭС и РФ был разрешен только при условии уплаты таможенных пошлин и других платежей. Пометка об ограничении использования была указана в ПТС, выданном владельцу автомобиля.

В 1 квартале 2016 года по материалам подразделений по противодействию коррупции возбуждено 104 уголовных дела. Из них по преступлениям коррупционной направленности возбуждено 64 уголовных дела (54 – в отношении 36 должностных лиц таможенных органов и 10 – в отношении 13 взяткодателей). По иным преступлениям против интересов государственной службы возбуждено 8 уголовных дел; по другим составам преступлений (по частям 1, 2 и 4 статьи 159 УК РФ («Мошенничество»),  частям 1 и 2 статьи 160 УК РФ («Присвоение или растрата»),  статье 327 УК РФ («Подделка документов») и иным)  – 32 уголовных дела.
Иными правоохранительными органами за 1 квартал 2016 года возбуждено 2 уголовных дела по преступлениям коррупционной направленности в отношении должностных лиц таможенных органов. По данным делам проходит 2 должностных лица таможенных органов.