В соответствии со ст.9 Таможенного кодекса Таможенного Союза любое лицо вправе обжаловать решения таможенных органов, действия (бездействие) таможенных органов или их должностных лиц в порядке и сроки, которые установлены законодательством государств-членов Таможенного Союза, решения, действия (бездействие) таможенного органа или должностных лиц таможенного органа которого обжалуются. Порядок подачи, рассмотрения и разрешения направляемых в таможенные органы жалоб определяется Федеральным законом от 27.11.2010 N 311-ФЗ "О таможенном регулировании в Российской Федерации". При этом Законом установлено, что решения, действия (бездействие) таможенных органов или их должностных лиц могут быть обжалованы в таможенные органы и (или) в суд, арбитражный суд. Указанная норма свидетельствует об альтернативном порядке обжалования решений, действий таможенных органов и должностных лиц в вышестоящий таможенный орган или в суд, и тем самым предоставляет заинтересованному лицу право выбора органа и процедуры обжалования. Разрешения жалоб, направляемых в суды и арбитражные суды, определяется законодательством Российской Федерации о гражданском судопроизводстве и законодательством Российской Федерации о судопроизводстве в арбитражных судах.
 Сравнив нормы вышеуказанных законов, регулирующих порядок подачи жалобы, предоставления необходимых документов, сроков рассмотрения и исполнения решения, принятого по результатам рассмотрения жалобы однозначно видны преимущества ведомственного обжалования решений, действий (бездействия) в вышестоящий таможенный орган. Например, на инспектора таможенного поста можно пожаловаться в таможню, которой подчиняется данный пост, на решения таможни – в региональное таможенное управление, на РТУ – еще выше в ФТС России. Но, как правило, решения по жалобе рассматриваются в течение месяца в той же инстанции (пост, таможня, РТУ). При этом не надо думать, что таможенный орган обязательно примет решение в свою пользу, т.к. они будут обязательно проверены и проконтролированы вышестоящей таможенной инстанцией. Примерно одна треть жалоб удовлетворяется не в пользу таможенного органа.
 Итак, рассмотрим преимущества ведомственного обжалования. Преимущество первое (финансовое). В соответствии с требованиями ст.126 АПК, ст.132 ГПК РФ подача жалобы (искового заявления) в судебные органы предполагает уплату государственной пошлины в порядке и размерах, установленных налоговым законодательством Российской Федерации; предоставлении документов, подтверждающих обстоятельства, на которых истец основывает свои требования, в то время как вышестоящий таможенный орган рассматривает жалобу на безвозмездной основе, кроме того, заявитель может не представлять документы и сведения, которыми подтверждаются обстоятельства, указанные в жалобе. Если же представление таких документов и сведений имеет существенное значение для рассмотрения указанной жалобы и эти документы отсутствуют в таможенном органе, решение, действие (бездействие) которого или должностного лица которого обжалуются, таможенный орган, рассматривающий указанную жалобу запросит их у заявителя.
 Преимущество второе (временное). Все дела об оспаривании решений и действий (бездействия) государственного органа, должностных лиц в соответствии с АПК РФ рассматриваются в срок, не превышающий трех месяцев, в соответствии с ГПК РФ в десятидневный срок, однако при невозможности рассмотрения дела суд откладывает разбирательство дела на основании части 1 статьи 169 ГПК РФ на срок не превышающий двух месяцев. В соответствии с таможенным законодательством жалоба на решение, действие (бездействие) таможенного органа или его должностного лица рассматривается вышестоящим таможенным органом в течение одного месяца со дня ее поступления в таможенный орган, правомочный рассматривать указанную жалобу, и в пределах этого же срока копия решения, принятого по результатам рассмотрения жалобы направляется в адрес лица или выдается на руки. Преимущество третье (результативное). Самый важный момент ведомственного обжалования – это момент исполнения решения, принятого по результатам жалобы: в случае удовлетворения жалобы заявителя и признания решения, действия (бездействия) неправомерным реализация решения, а именно восстановление прав и законных интересов заявителя осуществляется в течение 10 рабочих дней со дня поступления решения в орган, чьи действия обжалуются. И наконец, последнее. Подача жалобы в вышестоящий таможенный орган ни в коей мере не лишает лица права на дальнейшее обжалование.
 Если решение таможенного органа по жалобе заявителя не удовлетворяет, он может обжаловать его в вышестоящем таможенном органе или обратиться в суд, арбитражный суд. Таким образом, обжалование решений таможенных органов, действий (бездействия) таможенных органов или их должностных лиц в вышестоящий таможенный орган не в коей мере не ущемляет интересы физических и юридических лица, и наоборот предоставляет возможность двойного контроля как со стороны органа уполномоченного в области таможенного дела, так и судебного органа в части проверки соответствия принятых решений, действий закону или иному нормативному акту.