Приказом Федеральной таможенной службы № 2745-К от 12.09.2016 с 15 сентября 2016 года заместителем начальника Челябинской таможни назначен подполковник таможенной службы Мелехов Евгений Владимирович. В его служебные обязанности входит координация деятельности правоохранительных подразделений таможни.

15 сентября 2016 года в г. Минске проведено 64-е заседание Совета руководителей таможенных служб государств – участников Содружества Независимых Государств. В заседании приняли участие представители таможенных служб Азербайджана, Армении, Белоруссии, Казахстана, Киргизии, Молдовы, России, Таджикистана, Узбекистана, а также Литвы, Польши, Латвии и Министр по таможенному сотрудничеству Евразийской экономической комиссии Мукай Кадыркулов.
Советом рассмотрен вопрос о взаимодействии сотрудников таможенных органов и железной дороги при таможенном контроле товаров, перемещаемых железнодорожным транспортом. С учетом накопленного опыта и нового таможенного законодательства назрела необходимость пересмотреть действующий порядок их взаимодействия. Принято решение о создании совместной рабочей группы, которая будет прорабатывать все накопившиеся вопросы.

Приказом Федеральной таможенной службы № 2657-К от 6 сентября 2016 с 15 сентября 2016 года заместителем начальника Нижегородской таможни назначен полковник таможенной службы Беляев Сергей Витальевич.

В 2016 году доля уголовных дел коррупционной направленности, возбужденных по материалам подразделений по противодействию коррупции таможенных органов, в общем количестве коррупционных уголовных дел, возбужденных всеми правоохранительными органами Российской Федерации в отношении должностных лиц таможенных органов, составила 95,7%.
За период с 1 января по 2 сентября 2016 года по материалам подразделений по противодействию коррупции ФТС России по преступлениям коррупционной направленности возбуждено 195 уголовное дело, из них 140 – в отношении 89 должностного лица таможенных органов и 55 – в отношении 59 взяткодателей. За этот же период другие правоохранительные органы по коррупционным составам преступлений возбудили 6 уголовных дел в отношении должностных лиц таможенных органов.

Приказом Федеральной таможенной службы от 29 августа 2016 г. № 2592-К начальником Канского таможенного поста назначен капитан таможенной службы Бухонкин Илья Николаевич.

Приказом Федеральной таможенной службы № 2588-К с 13 сентября 2016 года заместителем начальника Татарстанской таможни назначена Туфетулова Лейла Фаридовна.  

Приказом Федеральной таможенной службы от 22 августа 2016 № 2509-К начальником Таймырского таможенного поста Красноярской таможни назначен полковник таможенной службы Попов Андрей Васильевич.

В соответствии с решением коллеги Евразийской экономической комиссии от 01.12.2015 № 158 «О введении обязательного предварительного информирования о товарах, ввозимых на таможенную территорию Евразийского экономического союза воздушным транспортом» с 01.04.2017 вводится обязательное предварительное информирование о товарах, ввозимых на таможенную территорию Евразийского экономического союза (далее – Союз) воздушным транспортом.
Предварительная информация о ввозимых товарах (далее – предварительная информация) представляется таможенному органу государства - члена Союза (далее – таможенный орган), на территории которого расположено место прибытия товаров на таможенную территорию Союза, перевозчиком, осуществляющим ввоз товаров на таможенную территорию Союза воздушным транспортом, или иным лицом, действующим от имени и по поручению этого перевозчика.

1 сентября 2016 года ФТС России совместно с ФГУП «Почта России» запускает новый проект по реализации технологии упрощенного оформления товаров, пересылаемых в международных почтовых отправлениях (МПО).
Ранее на Петербургском международном экономическом форуме между ФТС России и ФГУП «Почта России» было подписано Соглашение о проведении такого эксперимента.
Данный проект будет распространяться на экспортируемые товары, пересылаемые в (МПО), в отношении которых не требуется возмещение налога на добавленную стоимость.

Согласно решению Коллегии Евразийской экономической комиссии N 26 от 29.03.2016 и N 40 от 16.05.2016 и постановлению Правительства РФ N 797 от 15.08.2016 с 1 сентября 2016 года на 1716 позиций ТНВЭД снижается импортная пошлина (Изменение ставок таможенного тарифа с 1 сентября 2016 года при импорте) и на 206 позиций отменяется экспортная пошлина (Изменение ставок таможенного тарифа с 1 сентября 2016 года при экспорте).
Изменения ставок производится на ежегодной основе как в связи с обязательствами принятыми в качестве условия присоединения к Всемирной торговой организации, так и исходя из экономических интересов стран Евразийского экономического союза.