1 июля 2020 года состоялась реорганизация Тывинской и Хакасской таможен в форме присоединения к Красноярской в соответствии с приказом ФТС России от 25.12.2019 № 1971.
С этого дня в структуру Красноярской таможни входит 13 постов: Абаканский, Ачинский, Зеленогорский, Канский, Красноярский, Кызылский, Лесосибирский, Саяногорский, Таймырский, Аэропорт Красноярск, ДАПП Хандагайты, ДАПП Цаган-Толгой, ДАПП Шара-Сур. Должностные лица таможни осуществляют таможенный контроль в трех автомобильных, двух воздушных и одном морском пунктах пропуска через государственную границу Евразийского экономического союза.

Приказом ФТС России от 16 июня 2020 года начальником Крымской таможни назначен генерал-майор таможенной службы Виктор Холичев.

В соответствии с планом мероприятий по реформированию системы таможенных органов ФТС России 18 июня 2020 года изменён действовавший ранее адрес Ростовского таможенного поста (Центра электронного декларирования). Юридическим адресом таможенного поста установлен: г. Ростов-на-Дону, Пролетарский р-н, ул. Энергетиков,  д. 11.
Также в рамках «дорожной карты»  по реформированию таможенных органов проведена значительная работа по увеличению штатной численности таможенного поста.

В соответствии с приказом ФТС России от 27 марта 2020 года № 326 с первого октября 2020 года произойдет реорганизация Тверской и Смоленской таможен в форме присоединения Тверской таможни к Смоленской таможне. Таможенные посты Тверской таможни - Западнодвинский, Вышневолоцкий, Кимрский, Ржевский, Тверской таможенный пост, Тверской таможенный пост (центр электронного декларирования) с октября будут переподчинены Смоленской таможне без изменения своего местонахождения и региона деятельности.
Таким образом, административные функции, связанные с таможенным декларированием товаров и транспортных средств в Тверской области, перейдут Смоленской таможне.

С 11 июня 2020 года приказом Федеральной таможенной службы № 1452-К от 8.06.2020 года начальником Татарстанской таможни назначен Марат Масгутович Гараев.

С 1 июля 2020 года вводится обязательная маркировка обуви, лекарственных препаратов и табачной продукции. С этой даты не допускается ввоз и оборот на территории России указанной продукции без маркировки. Маркировка призвана защитить потребителя от подделок,  повысить собираемость налоговых и таможенных платежей.

В соответствии с приказом ФТС России от 26 декабря 2019 года № 1971, Тывинская и Хакасская таможня будут реорганизованы в форме присоединения к Красноярской таможне.
В результате реорганизации в состав Красноярской таможни войдут Кызылский таможенный пост, двусторонние автомобильные пункты пропуска Хандагайты, Цаган-Толгой, Шара-Сур Тывинской таможни, а также Абаканский и Саяногорский таможенные посты Хакасской таможни. 

С 1 июля 2020 года Томская таможня будет реорганизована путём присоединения к Кемеровской таможне. Соответствующий приказ был подписан 26 декабря 2019 года руководителем ФТС России Владимиром Булавиным. Решение принято в целях совершенствования структуры и повышения эффективности таможенных органов, расположенных в Сибирском федеральном округе.

С 1 сентября 2020 года таможенные посты Карельской таможни   исключаются из Перечня таможенных органов, обладающих компетенцией по совершению таможенных операций, связанных с таможенным декларированием и выпуском товаров в соответствии с заявленной таможенной процедурой. Карельская таможня становится таможней фактического контроля. 

С 16 июня 2020 года Улан-Удэнский таможенный пост - центр электронного декларирования  (ЦЭД) Бурятской таможни прекращает свою деятельность. Участники внешнеэкономической деятельности могут подать декларации на товары во Владивостокский  таможенный пост (ЦЭД) Владивостокской таможни.