В соответствии с законом «О таможенном регулировании в Российской Федерации» уплата таможенных пошлин, налогов физическими лицами может осуществляться как в кассы таможенного органа и кредитных организаций, так и через платежные терминалы и банкоматы.
Банкоматы и платежные терминалы принимают к оплате платежи с международных расчетных пластиковых карт, так и наличными денежными средствами. С их помощью можно оплатить таможенные платежи по квитанции, сформированной инспектором после регистрации в единой автоматизированной информационной системе таможенных органов документа, на основании которого осуществляется исчисление и уплата таможенных платежей. Технология уплаты таможенных платежей через платежный терминал, банкомат позволяет полностью избежать ошибок при заполнении реквизитов платежа плательщиками и достигнуть высокого уровня автоматизации процесса, а также сэкономить время, не посещая отделение банка или кассу таможни.

Согласно вступающему в силу с 22 ноября 2014 года изменению в статью 333.33 Налогового кодекса Российской Федерации, за принятие предварительных решений по классификации товаров по единой Товарной номенклатуре внешнеэкономической деятельности Таможенного союза уплачивается Государственная пошлина размере 5000 рублей.
Статьей 333.18 «Порядок и сроки уплаты государственной пошлины» Налогового кодекса Российской Федерации предусмотрено, что государственная пошлина уплачивается до подачи заявлений и (или) иных документов на совершение юридически значимых действий либо до подачи соответствующих документов.

В целях реализации положений Стратегии развития таможенной службы Российской Федерации до 2020 года, утвержденной распоряжением Правительства Российской Федерации от 28 декабря 2012 г. № 2575-р (Собрание законодательства Российской Федерации, 2013 № 2, ст.109), и Плана мероприятий («дорожной карты») «Совершенствование таможенного администрирования», утвержденного распоряжением Правительства Российской Федерации от 29 июня 2012 г. № 1125-р, Приказом ФТС России от 30.07.2013г. № 1407, с учетом изменений (Приказ ФТС России от 17.03.2014 г. № 466) утверждена Концепция централизации учета таможенных и иных платежей и ведения единого лицевого счета участника внешнеэкономической деятельности.
Основной целью перехода на централизацию учета таможенных и иных платежей является совершенствование системы уплаты таможенных платежей при электронной форме декларирования, технологий удаленного выпуска и удаленной уплаты, упрощения расчетов по таможенным платежам, сокращения сроков прохождения денежных средств и сроков осуществления таможенного декларирования товаров. Указанной концепцией предусмотрено применение единого лицевого счета участника внешнеэкономической деятельности и централизация учета таможенных и иных платежей в единой базе данных с 1 января 2015 года.

С 12 ноября 2014 года вступил в силу новый Порядок использования Единой автоматизированной информационной системы (ЕАИС) таможенных органов при таможенном декларировании и выпуске (отказе в выпуске) товаров в электронной форме, после выпуска таких товаров, а также при осуществлении в отношении них таможенного контроля.
Порядок определяет последовательность действий по использованию ЕАИС при представлении таможенным органам документов и сведений в электронном виде при декларировании товаров в электронной форме.

Совершение таможенных операций пассажиров, следующих скорыми поездами «Чита-Маньчжурия», «Маньчжурия – Чита» на российском участке границе (станция Забайкальск) в настоящее время совершается в зале погранично-таможенного контроля вокзала. После прибытия на станцию Забайкальск пассажиры поезда с сопровождаемым багажом проходят в зал, где максимально быстро проходят паспортный и таможенный виды контроля, в том числе с применением досмотровой рентгентехники. Данная мера соответствует таможенному законодательству и обусловлена складывающейся оперативной обстановкой на российско-китайском участке государственной границе.

По итогам работы за 9 месяцев 2014 года таможенными органами Российской Федерации возбуждено 1 518 уголовных дел, что на 7% больше, чем за 9 месяцев 2013 года (1 415 дел). В том числе в отношении конкретных лиц возбуждено 961 уголовное дело (за 9 месяцев 2013 года – 772 уголовных дела).
Наибольшее количество возбужденных уголовных дел приходится на таможенные органы Центрального (504), Сибирского (242), Северо-Западного (173), Дальневосточного (96) таможенных управлений.