1 ноября 2012 года вступил в силу приказ Федеральной таможенной службы от 6 июля 2012 года № 1368, в соответствии с которым реорганизованы Алтайская и Горно-Алтайская таможни путём присоединения Горно-Алтайской таможни к Алтайской.

Приказом определено, что Ташантинский и Горно-Алтайский таможенные посты Горно-Алтайской таможни переподчинены Алтайской таможне.

В результате объединения в подчинении Алтайской таможни теперь находится 8 таможенных постов: Горнякский, Кулундинский, Барнаульский, Бийский, Заринский, Аэропорт Барнаул, Ташантинский, Горно-Алтайский.

Таким образом, в настоящее время в Сибирском федеральном округе функционирует 12 таможен и 68 таможенных постов, установлено 68 пунктов пропуска (12 воздушных, 10 железнодорожных, 44 автомобильных, 1 морской, 1 речной). Из них 25 действующих, 23 недействующих, в 20 пунктах пропуска на российско-казахстанской границе с 1 июля 2011 года деятельность таможенных органов не осуществляется.