31 июля 2012 года вступил в силу приказ Федеральной таможенной службы от 17 апреля 2012 года № 713, в соответствии с которым реорганизованы Восточно-Сибирская оперативная и Сибирская оперативная таможни путём присоединения Восточно-Сибирской оперативной таможни (г. Иркутск) к Сибирской оперативной таможне (г. Новосибирск).

Цель данной реорганизации – совершенствование структуры и оптимизация количества таможенных органов, расположенных в Сибирском федеральном округе.

Таким образом, в настоящее время в регионе деятельности Сибирского таможенного управления функционируют 13 таможен, в том числе Сибирская оперативная таможня, а также 68 таможенных постов (включая Сибирский тыловой таможенный пост), установлено 67 пунктов пропуска (11 воздушных, 10 железнодорожных, 44 автомобильных, 1 морской, 1 речной). Из них 24 действующих, 23 недействующих, в 20 пунктах пропуска на российско-казахстанской границе с 1 июля 2011 года деятельность таможенных органов не осуществляется.