В Северо-Западном таможенном управлении продолжается оптимизация структуры таможенных органов. В соответствии с приказом ФТС России от 10.10.2012 № 2040 в целях совершенствования структуры таможенных органов, расположенных в Северо-Западном федеральном округе, с 5 февраля 2013 года Вологодская, Новгородская, Сыктывкарская и Санкт-Петербургская таможни будут реорганизованы в форме присоединения Вологодской, Новгородской, Сыктывкарской таможен к Санкт-Петербургской таможне.

Таможенные посты Череповецкий, Вытегорский, Вологодский, Новгородский. Боровичский, Чудовский, Воркутинский, Жешартский, Сыктывкарский, Усинский, Ухтинский и Эжвинский с указанной даты без изменения местонахождения и региона деятельности будут переподчинены Санкт- Петербургской таможне.

С 5 февраля 2013 сократится штатная численность федеральных государственных гражданских служащих таможенных органов на 943 штатные единицы.