26 декабря 2012 года в соответствии с приказом ФТС России от 26.09.2012 № 1922 «О совершенствовании структуры и таможенных органов, расположенных в Дальневосточном федеральном округе» происходит реорганизация Благовещенской и Якутской таможен путем присоединения Якутской таможни к Благовещенской.
 В настоящее время в состав Благовещенской таможни входят три таможенных поста: Благовещенский, Поярковский и Тындинский. В связи с реорганизацией дальневосточных таможен в состав Благовещенской таможни войдут еще два таможенных поста: Нерюнгринский и Якутский.
 С 26 декабря 2012 года будут аннулированы коды Якутской таможни и коды Нерюнгринского и Якутского таможенных постов Якутской таможни. Таможенным постам Благовещенской таможни будут присвоены следующие коды: Нерюнгринскому таможенному посту – код 10704060, Якутскому таможенному посту – код 10704070.
 Расширится регион деятельности Благовещенской таможни. Помимо 20 районов Амурской области и 9 городов областного и районного подчинения в регион деятельности таможни войдут 36 муниципальных образований Республика Саха (Якутия): 34 муниципальных района и 2 городских округа - Жатай и город Якутск.
 Акватория вод территориального моря Российской Федерации, омывающего берега административных образований Республики Саха (Якутия), также входит в регион деятельности Благовещенской таможни.