В соответствии с приказом ФТС России от 14 декабря 2011 года № 2509 в целях совершенствования структуры таможенных органов, расположенных в Дальневосточном федеральном округе, с 3 апреля 2012 года Амурская таможня будет реорганизована путем присоединения к Хабаровской таможне.
Все три таможенных поста Амурской таможни (Комсомольский-на-Амуре, Ленинский и Николаевский) с указанной даты без изменения местонахождения будут переподчинены Хабаровской таможне. Таким образом, в структуре Хабаровской таможни станет 6 таможенных постов.
Регион деятельности Амурской таможни будет включен в регион деятельности Хабаровской таможни.
Штатная численность аппарата Амурской таможни будет сокращена и передана в Хабаровскую таможню и Дальневосточный энергетический таможенный пост.