Красноярск является одним из крупных транспортных узлов Транссибирской магистрали, соединяющей Европу и Азию. Благодаря строительству железной дороги в ХIХ-ХХ вв. стало возможным развитие Сибири и Дальнего Востока. В последнее время на государственном уровне принимаются важные решения по модернизации Транссиба, расширению пропускной способности железной дороги, ускорению прохождения грузов. Решение этой задачи возможно только совместными усилиями компаний, обеспечивающих работу транспортно-логистических узлов края, с контролирующими органами, в частности, с Федеральной таможенной службой.
 Сегодня товары, оформляемые в регионе деятельности Красноярской таможни, перемещаются через таможенную границу Таможенного союза в основном железнодорожным транспортом. Пять из семи таможенных постов Красноярской таможни осуществляют таможенные операции и таможенный контроль грузов, ввозимых и вывозимых этим видом транспорта.
 Доля деклараций на товары, перемещаемые железнодорожным транспортом через таможенную границу Таможенного союза, составляет более 80 % от общего объема подаваемых в Красноярскую таможню деклараций. Количество перемещенных таможенных грузов в первом полугодии 2013 года составило 2,8 млн. тонн или 95 % от общего объема товаров, оформляемых в Красноярской таможне, и практически соответствует уровню аналогичного периода прошлого года.
 В основном железнодорожным транспортом из Красноярского края экспортируются лес и лесоматериалы (71%), алюминий и изделия из него (20%) и другие товары. Импортируются продукты неорганической химии (глинозем) (64%), топливо минеральное, нефтепродукты (23%), электрооборудование и оборудование (8%).
 Основными торговыми партнерами региона в экспортных операциях в отношении товаров, перемещаемых по железной дороге, стали Китай (53%), Нидерланды (11%), Египет (6%), Узбекистан (4%), Таджикистан (4%); в импортных операциях - Украина (26%), Ирландия (25%), Китай (15%), Азербайджан (13%) и другие страны.
 В развитие Концепции таможенного оформления и таможенного контроля товаров в местах, приближенных к государственной границе РФ, в мае 2009 года Красноярский таможенный пост перемещен на железнодорожную станцию «Базаиха». Это позволило сократить время совершения таможенных операций и таможенного контроля товаров, ускорить проведение таможенного осмотра/ досмотра товаров, размещенных на СВХ и в постоянных зонах таможенного контроля железнодорожной станции.
 Работа по развитию информационных таможенных технологий продолжается. С 1 января следующего года декларации на товары будут подаваться только в электронном виде. Уже сейчас в Красноярской таможне объем электронного декларирования находится на уровне 98 процентов. Электронное декларирование дает возможность использовать систему удаленного выпуска при перемещении товаров железнодорожным транспортом. Красноярский таможенный пост может принимать декларации на товары, находящиеся в приграничных таможенных органах, и осуществлять их оформление удаленно.
 В ближайшее время планируется введение обязательного предварительного информирования о товарах, ввозимых на территорию Таможенного союза железнодорожным транспортом по аналогии с автомобильным транспортом. Необходимость его внедрения признана решением Объединенной коллегии таможенных служб государств-членов Таможенного союза. Это позволит ускорить пересечение железнодорожными грузами таможенной границы Таможенного союза, будет способствовать снижению издержек, увеличению грузооборота и росту привлекательности железнодорожного транзита через территорию Таможенного союза.
 Железнодорожный транспорт востребован участниками внешнеэкономической деятельности Красноярского края для перевозки грузов. В связи с этим Красноярская таможня занимает активную позицию по взаимодействию с Красноярской железной дорогой. Проводятся совместные совещания по вопросам перевозок различных видов грузов. Также Красноярская таможня является постоянным участником Координационного Совета, на котором в числе прочих обсуждаются вопросы внедрения современных технологий, повышения эффективности таможенного контроля.