В настоящее время судебная практика по спорам, связанным с решениями таможенных органов об отказе в применении льготы по уплате НДС в отношении ввозимых в Российскую Федерацию медицинских товаров с представлением регистрационного удостоверения нового образца, складывается не в пользу таможенных органов.

Позиция таможенных органов основана на следующем.

В соответствии с подпунктом 1 пункта 2 статьи 149 и подпунктом 2 статьи 150 Налогового кодекса Российской Федерации (далее – НК РФ) не подлежит налогообложению ввоз на территорию Российской Федерации важнейшей и жизненно необходимой медицинской техники по перечню, утверждаемому Правительством Российской Федерации (в редакции до 1 января 2014 г.).

Согласно подпункту 4 пункта 2 и пункту 5 статьи 164 НК РФ налогообложение производится по налоговой ставке 10 процентов при ввозе на территорию Российской Федерации медицинских товаров отечественного и зарубежного производства, в том числе, изделий медицинского назначения (в редакции до 1 января 2014 г.).

Для целей реализации указанных статей НК РФ изданы: постановление Правительства Российской Федерации от 17 января 2002 г. № 19, утверждающее Перечень важнейшей и жизненно необходимой медицинской техники, реализация которой на территории Российской Федерации не подлежит обложению налогом на добавленную стоимость; постановление Правительства Российской Федерации от 15 сентября 2008 г. № 688, утверждающее Перечень кодов медицинских товаров в соответствии с Единой товарной номенклатурой внешнеэкономической деятельности Таможенного союза, облагаемых налогом на добавленную стоимость по налоговой ставке 10 процентов при их ввозе в Российскую Федерацию.

Одним из оснований для предоставления освобождения от налогообложения важнейшей и жизненно необходимой медицинской техники, а также обложения налогом на добавленную стоимость по налоговой ставке 10 процентов изделий медицинского назначения является регистрационное удостоверение на такие товары.

Пунктом 6 Правил государственной регистрации медицинских изделий, утвержденных постановлением Правительства Российской Федерации от 27 декабря 2012 г. № 1416, вступившим в силу с 1 января 2013 г., предусмотрена единая форма регистрационного удостоверения на медицинское изделие. При этом установленный Федеральным законом от 21 ноября 2011 г. № 323-ФЗ «Об основах охраны здоровья граждан в Российской Федерации» (далее – Федеральный закон № 323-ФЗ) термин «медицинское изделие» по сути объединил в себе понятия «важнейшая и жизненно необходимая медицинская техника» и «изделия медицинского назначения».

Выданные в соответствии с указанными правилами регистрационные удостоверения не позволяют разделить зарегистрированные медицинские изделия на группу товаров, которые в соответствии с налоговым законодательством Российской Федерации в целях применения освобождения от уплаты НДС относятся к медицинской технике, и на группу медицинских товаров, которые в целях налогообложения по ставке НДС 10 процентов относятся к изделиям медицинского назначения.

Несоответствие статьи 38 Федерального закона № 323-ФЗ положениям НК РФ и изданным в соответствии с ним постановлениям Правительства Российской Федерации, регулирующим порядок льготного налогообложения медицинских товаров, не позволило таможенным органам администрировать предоставление освобождения от уплаты НДС ввозимых на территорию Российской Федерации медицинских товаров, на которые выдано регистрационное удостоверение нового образца.

По мнению судебных органов, какое-либо несоответствие терминологии, применяемой в нормативных  правовых актах, не должно лишать юридическое лицо права на освобождение от налогообложения товаров, которые в соответствии с действующим законодательством не подлежат налогообложению при ввозе на территорию Российской Федерации. Само по себе отсутствие в выданном регистрационном удостоверении указания на то, что ввезенный товар относится к медицинской технике, не является основанием для отказа в применении льготы по налогу на добавленную стоимость.

В целях изменения складывающейся не в пользу таможенных органов судебной практики по спорам, связанным с освобождением от уплаты НДС либо применения ставки НДС в размере 10 процентов в отношении ввозимых в Российскую Федерацию медицинских товаров, ФТС России принято участие в разработке проекта постановления Правительства Российской Федерации «Об утверждении перечней медицинских товаров, реализация в Российской Федерации и ввоз которых на территорию Российской Федерации и иные территории, находящиеся под ее юрисдикцией, сырья и комплектующих изделий для их производства, не подлежащих налогообложению», который актуализирует перечень, утвержденный постановлением Правительства Российской Федерации от 17 января 2002 г. № 19.  Разработчиком данного постановления Правительства Российской Федерации является Минздрав России. Указанный проект постановления Правительства Российской Федерации 21 августа 2014 г. внесен в Правительство Российской Федерации в установленном порядке.

В настоящее время в целях приведения в соответствие с терминологией, определенной Федеральным законом № 323-ФЗ, и устранения проблемного вопроса также внесены изменения в подпункт 1 пункта 2 статьи 149, подпункт 2 статьи 150, подпункт 4 пункта 2 и пункт 5 статьи 164 НК РФ (Федеральный закон от 25 ноября 2013 г. № 317-ФЗ), а также в постановление Правительства Российской Федерации от 15 сентября 2008 г. № 688 (постановление Правительства Российской Федерации от 28 августа 2014 г. № 870 «О внесении изменений в постановление Правительства Российской Федерации от 15 сентября 2008 г. № 688»).