В соответствии с приказом Федеральной таможенной службы от 26.09.2012 «О совершенствовании структуры таможенных органов, расположенных в Дальневосточном федеральном округе», с 26 декабря 2012 года Чукотская таможня будет реорганизована в форме присоединения Чукотской таможни к Магаданской таможне.

Штатная численность Чукотской таможни будет сокращена, а таможенные посты Анадырский и Аэропорт Анадырь войдут в состав Магаданской таможни.

К региону деятельности Магаданской таможни присоединится территория Чукотского автономного округа.

Реорганизация таможенных органов проводится для модернизации структуры Федеральной таможенной службы и оптимизации ее работы. Одновременно с этим происходит модернизация самой процедуры таможенного администрирования. Введение новых информационных технологий позволяет осуществлять электронное декларирование, более эффективно управлять работой таможенных постов.