C 1 ноября 2012 года Алтайская таможня будет реорганизована в форме присоединения к ней Горно-Алтайской таможни. Мероприятия по реорганизации призваны усовершенствовать структуру таможенных органов, расположенных в Сибирском федеральном округе, в результате которых ликвидируются таможенные органы, имеющие низкий объем декларирования товаров
 В связи с этим регион деятельности Алтайской таможни значительно расширится, помимо Алтайского края, алтайские таможенники будут нести ответственность за совершение таможенных операций и таможенный контроль на территории Республики Алтай.
 В настоящее время в состав Алтайской таможни входят 6 таможенных постов: Горнякский, Кулундинский, Барнаульский, Бийский, Заринский, Аэропорт Барнаул. В ходе предстоящих изменений в структуру Алтайской таможни будут включены еще два таможенных поста в Республике Алтай: Горно-Алтайский и Ташантинский, без изменения местонахождения и регионов деятельности.