В целях совершенствования структуры таможенных органов, расположенных в Северо-Западном федеральном округе, в соответствии с приказом ФТС России № 713 от 17 апреля 2012 года Калининградская оперативная таможня (г. Калининград) будет присоединена 31 июля 2012 года к Северо-Западной оперативной таможне (г. Санкт-Петербург).
 В результате реорганизации без передачи штатной численности в Калининградской оперативной таможне будут сокращены 163 единицы должностей сотрудников, 33 единицы должностей федеральных государственных гражданских служащих и 18 единиц должностей работников. С 31 июля 2012 года будет аннулирован код оперативной таможни – 10213000.
 С этой даты в регион деятельности Северо-Западной оперативной таможни (СЗОТ) будут включены Калининградская область, территориальное море и внутренние воды Российской Федерации, омывающие берега Калининградской области.
 За сотрудниками Калининградской оперативной таможни, назначенными в связи с реорганизацией таможен с их согласия на новые должности с меньшими окладами, сохраняются оклады по ранее занимаемым должностям.
 Северо-Западному таможенному управлению предписано обеспечить передачу приостановленных уголовных дел и уголовных дел, находящихся в производстве дознавателей Калининградской оперативной таможни, надзирающему прокурору для определения дальнейшей подследственности.
 Из Калининградской оперативной в Северо-Западную оперативную таможню будут переданы соответственно дела об административных правонарушениях (АП), находящиеся в производстве и в архивах; материалы о возбуждении уголовных дел и дел об АП, прекращенные уголовные дела; наблюдательные производства по уголовным делам и по делам об АП; вещественные доказательства по делам об АП, в том числе товары, изъятые в ходе производства по делам об АП, постановления по которым не вступили в законную силу.